Шүүх шинжилгээний байгууллага нь Дотоод явдлын яамны сайдын 1944 оны 01 дүгээр сарын 12-ны өдрийн 14 дүгээр тушаалаар “Шинжлэн магадлах техникийн 4 дүгээр тасаг” нэртэйгээр анх байгуулагдаж байсан түүхэн замналтай бөгөөд тус байгууллагын үүсэж хөгжсөний 80 жилийн ой өнөөдөр тохиож байна.
Монгол Улсын Их Хурлын 2022 оны 12 дугаар сарын 23-ны өдрийн нэгдсэн хуралдаанаар Шүүх шинжилгээний тухай хуулийн шинэчилсэн найруулга батлагдаж, Засгийн газрын 2023 оны 10 дугаар тогтоолоор Засгийн газрын хэрэгжүүлэгч Агентлаг-Шүүх шинжилгээний ерөнхий газар болж бүтэц зохион байгуулалт, үйл ажиллагаа өргөжиж, шинэ төрлийн шинжилгээнүүдийг хийх эрх зүйн орчин бүрдсэн.
Шүүх шинжилгээ бол аливаа хэрэг, маргааныг хянан шийдвэрлэх ажиллагааны явцад хэрэгт авагдсан ул мөр эд мөрийн баримтад үзлэг, шинжилгээ хийж шинжлэх ухааны үндэслэлтэй, хараат бусаар дүгнэлт гаргаж, хэрэг маргааныг шийдвэрлэхэд чухал үүрэг гүйцэтгэдэг салбарын нэг юм.
Нийгэмд шударга ёсыг бэхжүүлэх, хүний эрх, эрх чөлөө, хууль ёсны ашиг сонирхлыг хамгаалах, шинжлэх ухааны баталгаа болох үйл хэрэгт бие сэтгэл, хүч хөдөлмөрөө зориулан ажиллаж, тус байгууллагын түүхийг бүтээлцсэн ахмад ажилтнууд, тэдний үйл хэргийг үргэлжлүүлэн ажиллаж байгаа алба хаагчид, залгамж халаа болж дотоод, гадаадын их дээд сургуулиудад бэлтгэгдэж буй суралцагч, оюутнууд Та бүхэнд ажлын өндөр амжилт хүсэн ерөөе.